Sein Vater war der Kaufmann Karl Jacks aus Prenzlau, der nach den Boykottmaßnahmen der Nazis Anfang April 1933 gegen sein Textilkaufhaus und der Haussuchung seines Wohnhauses am 19. April 1933 in Prenzlau an einem tödlichen Gehirnschlag starb. Seine Mutter Alice Esther Jacks geborene Saalfeld wurde am 19.01.1942 nach Riga deportiert und im Holocaust ermordet.
Seine Mutter gab in ihrer Vermögenserklärung an, dass Günter nach Australien ausgewandert sei und sie seine Frau Franziska und ihre Enkel (Zwillinge) in Prag mit 100,- RM im Monat unterstütze. 
Františka Jackšová 
https://www.holocaust.cz/de/opferdatenbank/opfer/95964-frantiska-jacksova/
Karel Jackš
https://www.holocaust.cz/de/opferdatenbank/opfer/95965-karel-jacks/
Petr Jackš
https://www.holocaust.cz/de/opferdatenbank/opfer/95966-petr-jacks/
Die drei wurden ebenfalls im Holocaust ermordet, das Schickal von Günter Jacks ist unbekannt. Einer anderen Quelle auf MyHeritage nach ist er in Prag gestorben.
https://www.myheritage.de/research/collection-1/myheritage-stammbaume?itemId=OYYV6J5Q5IPQORXLXFOFD7PT7QIK7EA-9-592&action=showRecord&recordTitle=gunter+Jacks